1. 论文
   1. 摘要
      1. 中文
      2. 英文
   2. 介绍转座子
      1. 结构和类型
         1. 结构
         2. 类型
            1. 第一类转座子
            2. 第二类转座子
      2. 水稻基因组学中研究进展
         1. 水稻基因组学的研究现状
         2. 转座子在水稻基因组学研究中的应用
            1. 转座子标签法原理
            2. 转座子标签法克隆基因的方法
            3. 转座子标签技术的新发展
            4. 转座子标签法的应用
      3. 水稻基因组中转座子的种类
         1. 其它TEs
         2. MITEs
         3. MULEs
         4. CACTA家族
         5. hAT
            1. 在转座过程中产生8bp的靶位点重复
            2. 有5—27bp的短反向末端重复
            3. 大多数hAT类转座子小于4kb
         6. LTR retrotransposons
   3. 转座子的分析
      1. 材料和方法
         1. 材料
            1. 工具
         2. 方法
            1. 提取Repbase中水稻转座子
            2. 生成Repbase_Oryza.fasta
            3. 统计Repbase_Oryza.fasta中
            4. TE类型
            5. 每条序列长度
            6. 分别对两基因组做blastn
            7. 分析blastn结果
            8. 提取TE在染色体上的信息
            9. 位置
            10. 长度
            11. 根据位置和长度信息合并TE
            12. 目前问题
            13. 同类型TE合并策略
            14. 不同类型TE是否合并
            15. TE分布总表
            16. 统计各种类型TE数量
            17. 表格
            18. TE类型
            19. 数量
            20. 做图
            21. Gnuplot
            22. 做成类似这样的
            23. 分析TE聚集性
            24. Gnuplot作图
      2. 结果与讨论
         1. 结果
            1. 数量情况
            2. 表
            3. 图
            4. 聚集性
         2. 讨论
   4. 结论
   5. 致谢
   6. 参考文献
   7. 翻译
      1. 原文
      2. 翻译
   8. 附录
      1. 程序源代码
         1. filter.pl
         2. TE_merge
         3. TE_per_kbp.pl
2. gnuplot
   1. 输出格式
      1. png
      2. png
   2. Gnuplot的使用技巧
   3. 在gnuplot里使用中文标注
3. 程序
   1. TIGR_Oryza_Repeats.v3.3
   2. 9311_genome.fa.gz
   3. Blastn
      1. indica
      2. japonica
   4. 分别统计各种类型转座子在不同亚种间的位置分布情况