1. SUBSECRETARÍA DE PLANEACIÓN Y POLÍTICA AMBIENTAL
   1. Dirección General de Estadística e Información Ambiental
      1. Dirección General de Planeación y Evaluación
         1. Dirección General de Política Ambiental e Integración Regional y Sectorial
            1. Dirección General de Políticas para el Campo
2. SUBSECRETARÍA DE FOMENTO Y NORMATIVIDAD AMBIENTAL
   1. Dirección General de Energía y Actividades Extractivas
      1. Dirección General de Fomento Ambiental Urbano y Turístico
         1. Dirección General de Industria
            1. Dirección General del Sector Primario y Recursos Naturales Renovables
3. SUBSECRETARÍA DE GESTIÓN PARA LA PROTECCIÓN AMBIENTAL
   1. Dirección General de Gestión de la Calidad del Aire y Registro de Emisiones y Transferencia de Contaminantes
      1. Dirección General de Gestión Forestal y de Suelos
         1. Dirección General de Gestión Integral de Materiales y Actividades Riesgosas
            1. Dirección General de Impacto y Riesgo Ambiental
            2. Dirección General de Vida Silvestre
            3. Dirección General de Zona Federal Marítima
4. OFICIALIA MAYOR
   1. Dirección General de Desarrollo Humano y Organización
      1. Dirección General de Programación y Presupuesto
         1. Dirección General de Recursos Materiales, Inmuebles y Servicios
            1. Dirección General de Informática y Telecomunicaciones
5. ORGANISMOS DESCENTRALIZADOS
   1. Comisión Nacional Forestal (CONAFOR)
      1. Instituto Mexicano de Tecnología del Agua (IMTA)
6. ORGANISMOS DESCONCENTRADOS
   1. Comisión Nacional del Agua (CNA)
      1. Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP)
         1. Comisión Nacional para el Conocimiento y uso de la Biodiversidad (CONABIO)
            1. Instituto Nacional de Ecología (INE)
            2. Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA
7. DELEGACIONES DE LOS 31 ESTADOS
8. Subsecretaría de planeación y política ambiental
   1. Subsecretaría de gestión para la protección ambiental
      1. subsecretaría de fomento y normatividad ambiental
         1. Jefatura de la unidad coordinadora de participación social y transparencia
            1. Jefatura de la unidad coordinadora de delegaciones
            2. Jefatura de la unidad coordinadora de asuntos jurídicos
9. Jefatura de la unidad coordinadora de asuntos internacionales
10. Jefatura de empleados de seguridad