En 1801, Toussaint Louverture llegó a Santo Domingo y proclamó la abolición de la esclavitud en nombre de la República Francesa.
Napoleón envió un ejército que sometió toda la isla y la gobernó durante unos meses. Los negros y mulatos de la parte occidental de la isla se alzaron nuevamente en contra de los franceses en octubre de 1802 y finalmente los derrotaron en noviembre de 1803. El 1 de enero de 1804, los vencedores declararon a Saint-Domingue como la república independiente de Haití.
En 1805, tras coronarse emperador, Jean-Jacques Dessalines invadió la parte oriental y llegó hasta la ciudad de Santo Domingo, pero tuvo que retirarse ante la resistencia de un escuadrón naval francés. Durante su retirada a través del Cibao, los haitianos saquearon las ciudades de Santiago y Moca, matando a la mayoría de sus residentes, hecho que generó animadversión durante dos siglos entre los dos países
El 1 de diciembre de 1821, el ex capitán general y escritor José Núñez de Cáceres declaró la independencia de la colonia, llamándola Estado independiente de Haití Español, a la vez que solicitó la incorporación del nuevo estado a la Gran Colombia.
A tan sólo nueve semanas de que Núñez de Cáceres declarara la independencia, las fuerzas militares de Haití dirigidas por Jean Pierre Boyer ocuparon la nación. Esto se debió, en gran medida, al escaso apoyo internacional dado al nuevo estado.
Desde que Boyer tomó posesión de la parte Este de la isla, dispuso una serie de medidas con el propósito de asegurar su unificación. Una de ellas fue la abolición de la esclavitud, que benefició alrededor de 8 mil esclavos.
El 16 de julio de 1838, unos jóvenes dominicanos fundaron una organización política clandestina denominada "La Trinitaria", por estar compuesta por grupos de tres miembros. Los miembros originales fueron Juan Isidro Pérez, Pedro Alejandro Pina, Félix María Ruiz, Benito González, Juan Nepomuceno Ravelo, José María 13.Serra, Felipe Alfau y Jacinto de la Concha. Luego se integraron Francisco del Rosario Sánchez, Ramón Matías Mella y otros
La Trinitaria fue la bujía espiritual y material de la Independencia dominicana, ya que de acuerdo con los postulados del creador de la nacionalidad dominicana, Juan Pablo Duarte, la independencia de toda dominación extranjera, más que un reto de carácter emancipador del dominio haitiano, constituía un anhelo de progreso y de libertad, para los nativos de la parte española de la isla, que toda su existencia la habían vivido sometidos a una u otra potencia extranjera.
La Trinitaria fue la bujía espiritual y material de la Independencia dominicana, ya que de acuerdo con los postulados del creador de la nacionalidad dominicana, Juan Pablo Duarte, la independencia de toda dominación extranjera, más que un reto de carácter emancipador del dominio haitiano, constituía un anhelo de progreso y de libertad, para los nativos de la parte española de la isla, que toda su existencia la habían vivido sometidos a una u otra potencia extranjera.
Los Trinitarios acordaron juntarse el 27 de febrero de 1844 en la Puerta de la Misericordia para desde allí lanzarse a la ocupación de la Puerta del Conde. Los haitianos tenían su cuartel general en la Fortaleza Ozama, no lejos de allí. A media noche, Ramón Matías Mella hizo tronar su trabuco, y el grupo dirigido por Sánchez tomó el Baluarte del Conde. El 28 de febrero, los haitianos capitularon con los Trinitarios y entregaron pacíficamente el poder de la parte este de la isla, declarándose así la independencia definitiva del yugo haitiano.