1. La ocupación generó resistencia, desobediencia civil e incluso algunas conspiraciones que fueron develadas y hechos prisioneros o condenados a muerte sus miembros en un régimen que representaba cada día más el oprobio natural de una dominación extranjera.
   1. La Trinitaria En 1838 y después de regresar de estudiar en Europa y convencido por los vientos del Liberalismo que azotaban el viejo continente, Juan Pablo Duarte funda la organización secreta La Trinitaria cuya meta fue la creación de una Patria independiente de toda dominación extranjera.
   2. Movimiento pro-español, del cual eran exponentes en Santo Domingo los sacerdotes Gaspar Hernández y Pedro Pamiés, y en Puerto Plata el veterano General Andrés López Villanueva.
   3. Movimiento pro-ingles, se inclinaba a buscar la protección de Inglaterra a cambio de ventajas comerciales y lo encabezaba un propietario de Las Matas de Farfán de apellido Pimentel.
   4. Los Afrancesados: compuesto por hombres maduros, como Buenaventura Báez (que luego se convirtió en dictador) y el importante abogado y comerciante Manuel Joaquín Delmonte la mayor parte de los cuales habían ocupado puestos administrativos dentro del gobierno haitiano anterior y que creían poder alcanzar la eliminación del dominio haitiano con ayuda de Francia,
2. Aunque Juan Pablo Duarte, el Padre de la Patria, se hallaba ausente, la noche del martes 27 de febrero de 1844, en la Puerta del Conde de la ciudad de Santo Domingo, la República Dominicana era proclamada libre e independiente
   1. En la sepracion de la isla, participaron , Francisco del Rosario Sánchez, Ramon Matias Mella, Maria Trinidad Sanchez y otros mas. Tomaron la Fortaleza Ozama en la capital Santo Domingo. La guarnición haitiana, fue tomada por sorpresa, aparentemente traicionada por uno de sus centinelas.
   2. Otro grupo de insurgentes, liderados por Matías Ramón Mella llegó hasta la Puerta de la Misericordia donde Mella disparó el legendario Trabucazo de la Independencia y Sánchez izó inmediatamente la nueva bandera dominicana al grito de ¡Dios, Patria y Libertad!. Había nacido la nueva república bajo la forma de un gobierno republicano y democrático, en un pueblo libre que rechazaba cualquier imposición extranjera. El gobierno provisional presidido por el conservador Tomás Bobadilla organizó rápidamente un ejercito para defender la exitosa sublevación y aplastar la contraofensiva de las tropas de reacción enviadas por Puerto Príncipe.
3. En los días que siguieron a la proclamación de independencia, todos los funcionarios haitianos salieron de Santo Domingo. Tomás Bobadilla y Briones, un jurista conservador que había participado en la anterior insurrección, encabezó la junta provisional de gobierno de la nueva república. El 14 de marzo, después de recuperarse de su enfermedad Duarte regresó y fue recibido con celebraciones.
4. El 1 de diciembre de 1821, el ex capitán general y escritor José Núñez de Cáceres declaró la independencia de la colonia, llamándola Estado independiente de Haití Español, a la vez que solicitó la incorporación del nuevo estado a la Gran Colombia.
   1. A tan sólo nueve semanas de que Núñez de Cáceres declarara la independencia, las fuerzas militares de Haití dirigidas por Jean Pierre Boyer ocuparon la nación. Esto se debió, en gran medida, al escaso apoyo internacional dado al nuevo estado.
   2. Desde que Boyer tomó posesión de la parte Este de la isla, dispuso una serie de medidas con el propósito de asegurar su unificación. Una de ellas fue la abolición de la esclavitud, que benefició alrededor de 8 mil esclavos
   3. En 1827 se dio una situación crítica para el gobierno, debido a que los ciudadanos se opusieron rotundamente a pagar impuestos, que fue una de las medidas decretadas por Boyer. Este apeló entonces al recurso de emitir papel moneda, iniciándose así un proceso de devaluación del gourde, a la sazón moneda oficial en ambos lados de la isla. Al mismo tiempo, aumentó el descrédito internacional del gobierno de Boyer.
5. La parte española de la isla fue invadida por la naciente República de Haití por razones de tipo económicas, sociales y políticas
   1. Siendo la de mayor importancia la preservación de su propia independencia, frente a un vecino que mantenía el sistema esclavista y que por sus propios intereses era un potencial enemigo de la recién creada república negra, en la que había sido abolida la esclavitud.
   2. Toussaint Louverture llegó a Santo Domingo en 1801, y proclamó la abolición de la esclavitud en nombre de la República Francesa. Napoleón, Poco después, envió un ejército que sometió toda la isla y la gobernó durante unos meses. Los negros y mulatos de la parte occidental de la isla se alzaron nuevamente en contra de los franceses en octubre de 1802 y finalmente los derrotaron en noviembre de 1803. El 1 de enero de 1804, los vencedores declararon a Saint-Domingue como la república independiente de Haití.