Núñez de Cáceres desarrolló intensas actividades conspirativas para lograr la independencia de España, ganando para su causa a los jefes de varios cuerpos militares y arrestando, en la noche del 30 de noviembre de 1821, al gobernador y capitán general de los españoles. El 1 de diciembre, quedó constituido el Estado Independiente de Haití Español, para diferenciarlo de la ex colonia francesa, Haití.
El Estado Independiente de Haití Español dejó de existir el 9 de febrero de 1822, cuando Boyer hizo su entrada en la capital Santo Domingo al mando de sus tropas (Núñez de Cáceres le entregó las llaves de la ciudad y se retiró a la vida privada; su temporada de gobierno se conoce como Independencia Efímera, ya que tan solo duró dos meses y ocho días). Así se inició el periodo de la unificación de la isla de Santo Domingo, que persistió 22 años, hasta el 27 de febrero 1844 (Independencia Dominicana).
Boyer abolió definitivamente la esclavitud, beneficiando alrededor de 8 mil esclavos, quienes pero fueron obligados a permanecer en las mismas parcelas de tierra, tratando así de conciliar los intereses sociales con la producción agrícola.
El 16 de julio de 1838, fundó una sociedad secreta, La Trinitaria, a la cual más adelante se unirían Matías Ramón Mella y Francisco del Rosario Sánchez, adquiriendo un rol protagónico junto a Duarte.
Los trinitarios organizaban su trabajo político a partir de una estructura clandestina. Los iniciados hacían el juramento de luchar por la independencia bajo el lema “Dios, Patria y Libertad“.
En 1840, para divulgar públicamente las ideas independentistas, se constituyó otra sociedad, llamada La Filantrópica, con el lema “Paz, unión y amistad”, que difundía ideas veladas de liberación a través de obras teatrales
El 27 de febrero,Este día, los planes fueron ejecutados: un grupo de dominicanos, liderados por Ramón Matías Mella, llegaron hasta la Puerta de La Misericordia, disparando el famoso Trabucazo de la Independencia, que signaba el inicio de la guerra contra el opresor haitiano. Los dominicanos gritaron en alta voz la proclamación de la República Dominicana y su separación de Haití.
Durante el amanecer del 28 de febrero, un grupo de dominicanos ya tenían rodeada la Fortaleza Ozama, todos los puestos de guardia y los centros de mando de las tropas haitianas. El Presidente Herard, ante esta situación, decidió negociar con los dominicanos. Ese mismo día, fue izada la primera bandera de la República. El 29 de febrero, los dominicanos tenían el control de todo el territorio nacional y los haitianos decidieron rendirse.