1. Procarioti
   1. 1. DNA A
      1. 1. Idrolisi ATP
      2. 2. 9-meri
      3. 3. Apertura 13-meri
   2. 2. DNA B e DNA C
      1. Elicasi
         1. 2 Siti ATP
         2. 2 Siti ADP
         3. 2 Siti vuoti
      2. Posizionatore elicasi
   3. 3. Topoisomerasi
      1. Classe I
         1. Singolo filamento
      2. Classe II
         1. Doppio filamento
   4. 4. Distaccapamento posizionatore elicasi
   5. 5. DNA G
      1. Primasi
   6. 6. DNA polimerasi III
      1. Core proteico
         1. subunità alfa (polimerasica)
         2. Subunità epsilon (esonucleasica)
      2. Pol III*
         1. Core catalitico
         2. 2 Subunità tau
      3. Pol III'
         1. Pol III*
         2. Clamp loader
            1. Avvolgimento DNA
            2. Apertura DNA polimerasi
      4. Oloenzima
         1. Pol III'
         2. Sliding clump
            1. 2 anelli subunità beta
            2. Mantenimento enzima
   7. 7. Rimozione inneschi
      1. DNAsi H
         1. Legami ribonucleotidi
      2. DNA polimerasi I
         1. Esonucleasica
         2. Polimerasica
   8. 8. DNA polimerasii III
   9. 9. DNA ligasi
      1. 1. NAD -> NMN
      2. 2. Complesso DNA ligasi e AMP
      3. 3. Legame fosfodiesterico
2. Eucarioti
   1. 1. Cicline S -> S-cdk
   2. 2. Fosforilazione cdc
   3. 3. ORC (origin recognition complex)
      1. 1. Idrolisi ATP
      2. 2. Legame replicatore
      3. 3. Proteine bolla trascrizionale
   4. 4. Elicasi (MCM)
   5. 5. Topoisomerasi
      1. DNA topoisomerasi I
         1. 1. Taglio singolo filamento
         2. 2. Passaggio filamento sito di taglio
         3. 3. Saldatura
      2. DNA topoisomerasi II
         1. 1. Taglio entrambi filamenti
         2. 2. Svolgimento ansa
         3. 3. Saldatura
   6. 6. DNA polimerasi alfa
      1. Filamento veloce (1 primer)
      2. Filamento lento (più primer)
   7. 7. DNA polimerasi
      1. Delta
         1. Frammenti di okazaki
         2. RF-C -> clamp loader
            1. Passaggio filamenti okazaki
      2. Epsilon
         1. Filamento veloce
         2. PCNA -> sliding clamp
            1. Mantiene DNA polimerasi
   8. 8. Rimozione inneschi
      1. 1. FEN1 taglia flat provocato dalla polimerasi
      2. 2. RNAsi degrada primer
   9. 9. DNA polimerasi
   10. 10. DNA ligasi
       1. 1. ATP -> AMP + PPi
       2. 2. Complesso
          1. AMP
          2. DNA ligasi
       3. 3. Legame fosfodiesterico
       4. Forse legame AMP 3' P nucleotide
3. Istoni
   1. Duplicazione
      1. Tetramero H3-H4 associato
         1. CAF-1
      2. Dimeri H2A-H2B rilasciati
         1. NAP-1
   2. Modificazioni
      1. Writers and readers
4. Errori
   1. Appaiamenti non standard
   2. Forme tautomeriche
5. Riparazioni
   1. Proofreading
      1. Struttura
         1. Ione bivalente A
            1. Acido aspartico
            2. 3' OH nucleotide già presente
            3. Aumento nucleofilicità
         2. Ione bivlente B
            1. Acido aspartico
            2. Fosfati nucleotide da aggiungere
      2. Meccanismo
         1. Appaiamento complementare
            1. 1. Rotazione 40° alfa elica
            2. O alfa elica
            3. Facilitazione interazione
            4. 2. Distorsione 90° ultimo nucleotide
            5. 3. Legame ad H
         2. Appaiamento non complementare
            1. 1. Rottura legame ad H
            2. 2. Distorsione
            3. 3. Esposizione parte esonucleasica
   2. Mismatch repair
      1. Procarioti
         1. 1. Muts
            1. 1. Lega distorsione
            2. 2. Espone nucleotide
         2. 2. MutL e MutH tagliano
         3. 3. Formazione nick
         4. 4. Elicasi ed esonucleasi
         5. 5. DNA polimerasi
         6. 6. DNA ligasi
      2. Eucarioti
         1. 1. MLH
            1. 1. Lega distorsione
            2. 2. Espone nucleotide
         2. 2. MSH talgia
         3. 3. Formazione nick
         4. 4. MCM ed esonucleasi
         5. 5. DNA polimerasi
         6. 6. DNA ligasi