1. Tipi RNA
   1. mRNA
   2. tRNA
   3. rRNA
   4. snRNA
      1. piccoli RNA nucleari
      2. splicing
   5. snoRNA
      1. piccoli RNA nucleolari
      2. maturazione ribosoma
   6. piccoli RNA
      1. funzione
         1. regolazione
      2. esempi
         1. miRNA
         2. siRNA
         3. piwiRNA
   7. lncRNA
   8. crisprRNA
2. Gene
   1. definizione
      1. unità funzione molecolare
         1. cioè
            1. unità funzionale
            2. informazioni per produrre carattere
         2. contenente
            1. ORF (parte codificante)
            2. parte non codificante regolatoria
      2. unità strutturale
         1. segmento DNA
         2. costituito da sequenze leggermente diverse
            1. alleli
   2. struttura
      1. deve
         1. rimanere costante
         2. contenere informazioni per RNA
         3. evolvere con mutazioni
            1. selezione
      2. procarioti
         1. organizzati
            1. operoni
            2. unità trascrizionali
            3. raggruppamento geni
            4. stessa via metabolica
            5. unica regione regolatoria
         2. contengono
            1. start point
            2. TSS+1
            3. regione trascritta
            4. a valle
            5. regione di controllo
            6. a monte
            7. suddivisa
            8. promotore
            9. operatore
            10. fattori proteici
            11. enhancer
            12. aumenta efficienza
            13. terminatore
      3. eucarioti
         1. regione di controllo
            1. situata
            2. monte
            3. valle
            4. costituita
            5. promotore
            6. core promoter
            7. fattori generali di trascrizione
            8. promoter distale
            9. fattori specifici di trascrizione
            10. enhancers
            11. fattori specifici di trascrizione
         2. unico gene
3. RNA polimerasi
   1. aspetti conservati
   2. differenze
      1. cellule eucariotiche
         1. 3 tipologie
      2. cellule procariotiche
         1. unica polimerasi
   3. Struttura
      1. core
         1. 2 subunità alpha (gene rpoA)
            1. dimero
            2. impalcatura core enzyme
            3. dominio C-terminale
            4. riconoscimento promotore
            5. interagisce
            6. fattori regolazione fase di inizio
         2. 1 subunità beta (gene rpoB)
            1. forma
            2. sito catalitico
            3. canale entrata DNA
            4. canale uscita RNA
            5. canale ingresso nucleotidi
            6. conservata e importante
         3. 1 subunità beta primo (gene rpoC)
         4. 1 subunità omega (gene rpoZ)
            1. conservato
            2. funzione non chiara
      2. fattore sigma
         1. funzione
            1. riconoscimento promotore alta specificità
         2. differenze
            1. eucarioti
            2. numerosi
            3. procarioti
            4. housekeeping (sigma70)
            5. struttura
            6. 4 diverse regioni
            7. helix-turn-helix
            8. eccezione
            9. 1.1
            10. 3.2
            11. regioni contatto DNA
            12. regione 1.2
            13. -10
            14. +1
            15. regione 2.1-2.4
            16. pribnow box
            17. subunità beta primo
            18. TATA box (2.4)
            19. regione 3.0
            20. box -10
            21. lembo subunità beta
            22. regione 4.2
            23. box -35
            24. lembo subunità beta primo
4. identificazione promotori
   1. DNA sequencing
      1. metodo
         1. sanger
      2. provetta
         1. DNA da copiare
         2. primer multipla copia
         3. nucleotidi
            1. dNTP
            2. ddNTP
         4. polimerasi
         5. buffer
      3. funzionamento
         1. 1- reazioni di polimerizzazione
            1. OH in C3 -> prosegue
            2. OH less -> interrompe
         2. 2- interruzione casuale
         3. 3- elevato numero di frammenti
            1. terminano con base azotata nota
   2. DNA footprinting
      1. 1-DNAsi
         1. scinde DNA in punti casuali
      2. 2- Polimerasi
         1. ingrobro
         2. DNasi non taglia il promotore
   3. Allineamento sequenze
      1. individuare sequenze conservate
         1. -35
         2. -10
         3. consenso
            1. base che ha la maggior probabilità di trovarsi in una determinata posizione
   4. identificazione promotore
      1. forza del promotore
         1. efficienza
      2. spacing
         1. fra
            1. transcription start site
            2. sequenza consenso -10
         2. fra
            1. sequenza consenso -10
            2. sequenza consenso -35