1. DESPACHO MINISTRO
   1. ENTIDADES ADSCRITAS AL MINISTERIO DE TRANSPORTE
   2. OFICINA ASESORA DE PLANEACIÓN
   3. OFICINA DE REGULACIÓN ECONÓMICA
   4. SECRETARÍA GENERAL
      1. SUBDIRECCIÓN DE TALENTO HUMANO
      2. SUBDIRECCIÓN ADMINISTRATIVA Y FINANCIERA
   5. DESPACHO VICEMINISTRO DE TRANSPORTE
      1. DIRECCIÓN DE TRANSPORTE Y TRÁNSITO
         1. DIRECCIÓN DE TRANSPORTE Y TRÁNSITO
         2. SUBDIRECCIÓN DE TRANSPORTE
         3. SUBDIRECCIÓN DE TRÁNSITO
         4. DIRECCIONES TERRITORIALES
         5. INSPECCIONES FLUVIALES
   6. DESPACHO VICEMINISTRO DE INFRAESTRUCTURA
      1. DIRECCIÓN DE INFRAESTRUCTURA
   7. OFICINA ASESORA JURÍDICA
   8. OFICINA DE CONTROL INTERNO
   9. COMITÉ CONSULTIVO DE TRANSPORTE
   10. COMITÉ COORDINACIÓN DIMAR