1. Omologa
   1. Procarioti
      1. 1. RecBCD
         1. 1. Attività elicasica
         2. 2. Sito X (chi)
         3. 3. Attività nucleasica
         4. 4. Formazione ssDNA
      2. 2. RecA
         1. 1. Legano ssDNA
         2. 2. Riconoscimento regione omologa
         3. 3. Giunzione eteroduplex
         4. 4. Struttura a 3 filamenti
         5. 5. Giunzione di Holliday
      3. 3. RuvA riconosce giunzione holliday
      4. 4. RuvB effettua brench migration
         1. Elicasi
            1. Branch migration
      5. 5. RuvC esonucleasi
         1. Eteroduplex con alleli fiancheggianti e ricombinati
         2. Eteroduplex con alleli fiancheggianti e non ricombinati
   2. Eucarioti
      1. Generale
         1. 1. Riconoscimento sequenza specifica
         2. 2. Taglio 1 filamento
         3. 3. Rottura ponti idrogeno
         4. 4. Esposizione altra alfa elica
         5. 5. Eteroduplex
         6. 6. Eteroduplex filamento scalzato
         7. 7. Giunzione di holliday
         8. 8. Branch migration
            1. ATP-dipendente
         9. 9. Isomerizzazione 180°
         10. 10. Taglio
             1. Filamenti ricombinati
             2. Eteroduplex con alleli fiancheggiati e non ricombinati
             3. Eteroduplex poco esteso
             4. Filamenti non ricombinati
             5. Eteroduplex con alleli fiancheggiati e ricombinati
             6. Eteroduplex esteso
      2. Meiosi
         1. 1. Spo11 rompe doppio filamento
         2. 2. Complesso MRN -> ssDNA
         3. 3. DMC1
            1. 1. Invasione doppio filamento
            2. 2. Branch migration
            3. 3. Risintesi
            4. 4. Rilegatura
            5. 5. Doppia giunzione di holliday
            6. 6. Taglio filamenti
            7. Eteroduplex alleli ricombinati
            8. Eteroduplex alleli non ricombinati
2. Sito-specifica
   1. Conservativa
      1. 1. DNA fago lambda
      2. 2. DNA fago circolare
      3. 3. Integrasi
      4. 4. Riconoscimento
         1. Cromosoma batterico
         2. DNA fago
      5. 5. Taglio e saldatura
      6. 6. Giunzione eteroduplex
      7. 7. Integrazione
   2. Elementi trasponibili
      1. Trasposoni
         1. 1. DNA virale
         2. 2. Riconoscimento
            1. Cromosoma bersaglio
         3. 3. Integrasi
            1. Taglio DNA virale estremità
            2. Taglio cromosoma sfalsato
         4. 4. Unione DNA
         5. 5. Gap
         6. 6. DNA polimerasi
         7. 7. Direct terminal repeats
      2. Retroposoni
         1. Meccanismo
            1. 1. Trascrizione RNA
            2. 2. Trascrittasi inversa
            3. 3. cDNA
            4. 4. Sintesi filamento doppio
            5. 5. Integrasi
         2. Tipologie
            1. Virali
            2. Sequenze codificanti
            3. Nei virus proteine
            4. LTR (long terminal repeats)
            5. ITR (inverted terminal repeats)
            6. DTR (direct terminal repeats)
            7. Non virali
            8. Tipologie
            9. LINE-1
            10. ORF-1 -> p40
            11. ORF-2 -> trascrittasi inversa
            12. SINE (sequenza Alu)
            13. 2 sequenze ripetute testa-coda
            14. RNA7SL -> da cui derivano
            15. Trasporto peptide-ribosoma-mRNA nel RE
            16. Pseudogeni maturati
            17. Coda Poli-A
            18. Privi introni
            19. Meccanismo
            20. LINE-1 e Alu
            21. 1. Trascrizione retroposone
            22. 2. Taglio DNA bersaglio
            23. 3. Trascrittasi inversa
            24. 4. Sintesi filamento opposto
            25. 5. Integrasi
            26. Pseudogeni maturati
            27. 1. mRNA maturo
            28. 2. Trascrittasi inversa
3. RecA
4. RecBCD