1. Inizio
   1. 1- legame fattore sigma
      1. 1- regione 1.1 amminoterminale
         1. lega
            1. regione 2
            2. regione 4
            3. impedisce legame
         2. reversibile
      2. 2- formazione oloenzima
      3. 3- attacco al DNA
         1. 1- A e T
            1. posizione
            2. -11
            3. -7
            4. altamente conservati
         2. 2- legame fattore sigma
         3. 3- spostamento braccio amminoterminale
            1. spostato nella subunità beta
            2. blocca ingresso DNA
            3. complesso binario chiuso
      4. 4- flip di A e T
      5. 5- incurvamento DNA con apertura
         1. 90° a livello pribnow box
         2. complesso binario aperto
      6. 6- rimozione regione 1.1
   2. 2- trascrizione abortiva
      1. cos'è
         1. trascrizione primi 10 nucleotidi
            1. promotore
         2. ripetutamente
         3. complesso ternario
            1. RNA polimerasi
            2. ibrido DNA/RNA
      2. perché
         1. fattore sigma -> elevata affinità promotore
      3. quindi
         1. 1- regione 3.2 allontanata
         2. 2- distacco fattore sigma
         3. 3- cambiamento conformazionale
            1. diverso numero di basi comperte
      4. energia necessaria
         1. DNA scrunching-melting
            1. 1- DNA superavvolto
            2. 2- svolgimento DNA
2. Allungamento
   1. legami a idrogeno
      1. 1- RNA polimerasi
         1. base 1 catena RNA crescente
         2. base 2 (successiva) filamento templato
      2. 2- rottura legami a idrogeno
      3. 3- ingresso base successiva di RNA
      4. 4- RNA polimerasi
         1. base 1 catena RNA crescente
         2. base 2 (successiva) filamento templato
         3. avanzando di una posizione
   2. sito attivo
      1. subunità beta e beta primo
         1. F-loop
            1. denaturazione DNA
         2. Trigger loop
         3. Bridge helix
            1. interagisce ione magnesio
         4. Zipper
            1. rinatura DNA
            2. stacca RNA
            3. stabilizza ibrido RNA/DNA
         5. Lid
         6. Rudder
         7. cooperano con F-loop
         8. separazione RNA/DNA
      2. canale ingresso DNA
      3. canale uscita DNA
      4. canale uscita RNA
   3. fasi
      1. 1- F-loop denatura
      2. 2- Zipper
         1. rinatura DNA
         2. stabilizza ibrido RNA/DNA
      3. 3- Rudder e Lid
         1. separato DNA/RNA
      4. 4- 2 ioni magnesio
         1. nucleotide entrante
         2. bridge helix (istidina)
      5. 5- protonazione trigger loop
         1. cambiamento conformazionale
         2. energia necessaria
            1. 1- rottura legame covalente
            2. 2- rilascio pirofosfato
            3. 3- formazione legame covalente fosfodiestereo
   4. antibiotici
      1. funzionamento
         1. blocco trascrizione batterica
      2. quali
         1. rifamicine
            1. legano vicino sito catalitico
         2. fidaxomicine
            1. clostridium difficile
            2. lega
            3. lisina subunità beta primo
         3. pseudouridimicina
            1. compete con UTP
            2. blocco trascrizione
         4. mixopyronina
            1. lega lontano sito catalitico
   5. correzione
      1. 1 errore ogni 10^4
      2. due modi
         1. istantaneo
            1. rimozione nucleotide errato
            2. aggiunto nucleotide corretto
         2. successivamente
            1. rimozione intera segmento
            2. trascrizione corretta
   6. topoisomerasi
      1. funzioni
         1. svolgere superavvolgimenti
         2. nucleasi reversibili
            1. legame fosfodiestereo
            2. mantengono energia
         3. processi
            1. ricombinazione
            2. riparazione
            3. replicazione
      2. tipologie
         1. topoisomerasi I
            1. 1- tagliano singolo filamento
            2. 2- altro filamento passa nel taglio
            3. 3- risaldatura
            4. no ATP
         2. topoisomerasi II
            1. 1- taglio doppio filamento
            2. 2- passaggio tra 2 doppi filamenti
            3. 3- risaldatura
            4. ATP
3. Terminazione
   1. terminazione intrinseca
      1. sequenza biripartita
         1. ovvero
            1. 2 ripetizioni invertite
         2. forma
            1. struttura a forcina
            2. formata
            3. ansa
            4. loop
            5. causa
            6. ingombro sterico RNA polimerasi
      2. stringa di uracili
         1. difficile da reperire
         2. 2 legami ad H deboli
   2. terminazione rho-dipendente
      1. fasi
         1. 1- rho lega RNA
         2. 2- scorrimento veloce
            1. scioglie strutture secondarie
            2. attività ATPasica
         3. 3- raggiunge RNA polimerasi
         4. 4- riconosce sequenze Rut
            1. ricche di citosine
         5. 5- destabilizzazione ibrido RNA/DNA
         6. 6- distacco RNA polimerasi
      2. siti rut
         1. criptici
            1. presenza ribosoma
         2. tRNA
            1. sequenze secondarie
            2. impediscono legame rho
         3. rRNA
            1. antiterminatori
            2. 1- riconosciuti da proteine
            3. 2- impediscono legame rho