1. 不定型
   1. マイコプラズマ属(Mycoplasma)
      1. 肺炎マイコプラズマ(M.pneumoniae)
   2. ウレアプラズマ属(Ureaplasma)
   3. クラミジア属(Chlamydia)
      1. クラミジア・トラコマチス(C.trachomatis)
      2. オウム病クラミジア(C.psttaci)
      3. 肺炎クラミジア(C.pneumoniae)
   4. リケッチア属(Rickettsiae)
      1. 発疹チフス(R.prowazekii)
      2. ロッキー山紅斑病(R.rickettsi)
      3. 日本紅斑病(R.japonica)
      4. ツツガムシ病(R.tsutsugamushi)
2. グラム陽性菌
   1. 球菌
      1. ブドウ球菌属(Staphylococcus)
         1. 黄色ブドウ球菌(Staphyloccus aureus)
         2. 表皮ブドウ球菌(Staphyloccus epidermidis)
      2. レンサ球菌属(Streptococcus)
         1. 化膿レンサ球菌(Streptococcus pyogenes)
         2. B郡レンサ球菌((Group B Streptococcus)
         3. 肺炎球菌(Streptococcus pneumoniae)
      3. 腸球菌(Enterococcus)
   2. 桿菌
      1. リステリア属(Listeria)
         1. リステリア菌(L.monocytogeness)
      2. コリネバクテリウム属(Corynrbacterium)
         1. ジフテリア菌(C.diphtheriae)
         2. 偽ジフテリア菌(C.pseudodiphtheriticum)
      3. クロストリジウム属(Clostridium)
         1. 破傷風菌(C.tetani)
         2. ボツリヌス菌(C.botulinum)
         3. ウェルシュ菌(C.perfringens)
         4. ディフィシル菌(C.difficile)
         5. ガス壊疽菌郡
      4. バシラス属(Bacillus)
         1. 炭疽菌(B.anthracis)
         2. セレウス菌(B.cereus)
         3. 枯草菌(B.subtilis)
         4. 卒倒病菌(B. thuringiensis)
   3. 不定型
      1. マイコバクテリウム属(Mycobacterium)
         1. ヒト型結核菌(M.tuberculosis)
         2. ウシ型結核菌(M. bovis)
         3. ライ菌(M. leprae)
3. グラム陰性菌
   1. 球菌
      1. ナイセリア属(Neisseria)
         1. 淋菌(Neisseria gonorrhoeae)
         2. 髄膜炎菌(Neisseria meningitidis)
      2. モラクセラ属(Moraxella)
         1. モラクセラ・カタラーリス(Moraxella catarrhalis)
   2. 桿菌
      1. 腸内細菌科(Enterobacteriaceae)
         1. サルモネラ属(Salmonella)
            1. サルモネラ菌(Salmonella enterica)
            2. チフス菌(S.Typhi)
            3. パラチフス(S.ParatyphiA)
         2. セラチア(Serratia)
            1. セラチア(Serratia marcescens)
         3. 大腸菌属(Escherichia)
            1. 大腸菌(Escherichia coli)
         4. 赤痢菌属(Shigella)
            1. 赤痢菌(Shigella)
      2. プロテウス属(Proteus)
      3. ビブリオ属(Vibrio)
         1. コレラ菌(Vibrio cholerae)
         2. 腸炎ビブリオ(Vibrio parahaemolyticus)
      4. ヘモフィルス属(Haemophilus)
         1. インフルエンザ菌(H.influenzae)
      5. バクテロイデス属(Bacteroides)
         1. バクテロイデス(B.biacutis)
         2. フラジリス菌(B. fragilis)
      6. カンピロバクター属(Campylobacter)
         1. カンピロバクター・ジェジュニ(C.jejuni)
         2. カンピロバクター・コリ(C.coli)
         3. カンピロバクター・フェタス(C.fetus)
      7. ヘリコバクター属(Helicobacter)
         1. ヘリコバクターピロリ(H.pylori)
      8. シュードモナス属(Pseudomonas)
         1. 緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)
      9. ブルセラ属(Brucella)
      10. レジオネラ属(Legionella)
          1. レジオネラ肺炎菌(L.pneumophlla)
      11. ボルデテラ属(Bordetella)
          1. 百日咳菌(B.pertussis)
   3. スピロヘータ
      1. トレポネーマ属(Treponemma)
         1. 梅毒トレポネーマ(T.pallidum)
      2. ボレリア属(Borrelia)
         1. ライム病ボレリア(B.burgdorfieri)
         2. 回帰熱ボレリア(B.recurrentis)
      3. レピトスピラ属(Lestospira)
         1. 黄疸出血性レプトスピラ(L.interrogans)